Eine spezielle Krankengymnastik zur Behandlung der ALS wurde bisher nicht entwickelt. Die Methoden der physikalischen Therapie bei der ALS gehen auf die umfangreichen Erfahrungen bei benachbarten neurologischen Erkrankungen zurück, die ebenfalls mit Paresen oder einer Spastik verbunden sind. Die umfangreichste Erfahrung stammt aus der Rehabilitationsbehandlung des Schlaganfalls. Empfehlenswert ist eine regelmäßige (2 bis 3 mal pro Woche) krankengymnastische Übungsbehandlung mäßiger Intensität. Sinnvoll ist die Kontaktaufnahme mit einer Praxis für physikalische Therapie, die über Erfahrungen bei der Behandlung mit neurologischen Erkrankungen, z. B. nach einem Schlaganfall, einer Multiplen Sklerose oder der Parkinson-Erkrankung verfügen. Erfahrungen mit der ALS durch die Praxis für physikalische Therapie sind von Vorteil, jedoch nicht zwingend erforderlich. Die krankengymnastische Behandlung stellt die Grundlage der Paresen-Behandlung bei der ALS dar. Gleichzeitig ist zu betonen, dass die Krankengymnastik der Linderung von Beschwerden dient, jedoch das Fortschreiten der Erkrankung nicht verhindern kann. Die Ziele der Physiotherapie sind der Funktionserhalt der noch intakten Muskulatur, die Kontraktur-, Thrombose- und Pneumonieprophylaxe. Bei noch vorhandener Restbeweglichkeit haben sich vor allem isometrisches Muskeltraining und Übungen gegen Widerstand bewährt. Sie fördern neben dem Bewegungseffekt auch die Muskeldurchblutung.
Bei im Vordergrund stehender Spastik sollten physiotherapeutische Methoden (z.B. nach Bobath) zur Anwendung kommen. Einzelne Übungen sollen nach Anleitung des Patienten täglich selbständig durchgeführt werden. Bei hochgradigen Paresen ist eine passive Mobilisierung zur Prophylaxe von Kontrakuren (Sehnenverkürzungen) von großer Bedeutung. Der Einsatz von therapeutischen Hilfsmitteln (z.B. Orthesen), Lagerungs- und Transporthilfen (Treppenlifter, Badewannenlifter, Pflegebetten etc.) und Mobilitätshilfen (Gehwagen, Aufstehhilfen, Rollstühle etc.) erfordert eine spezialisierte Information, Beratung und Versorgung.